lm_sensorsが動くようになったので、さっそくpwmconfigを使ってOSからファン速度を調節してみることにしました。
やっぱり、CPU温度40℃に対して1300rpmは速すぎたようで、もっと下げても大丈夫でした。

# sensors
smsc47m1-isa-0a00
Adapter: ISA adapter
fan1:          0 RPM  (min =  640 RPM, div = 8)  ALARM
fan2:        917 RPM  (min =  640 RPM, div = 8)
smsc47m192-i2c-0-2d
Adapter: SMBus PIIX4 adapter at 0b00
in0:         +0.00 V  (min =  +3.32 V, max =  +0.40 V)   ALARM
Vcore:       +1.35 V  (min =  +0.27 V, max =  +2.99 V)
+3.3V:       +3.35 V  (min =  +2.97 V, max =  +3.63 V)
+5V:         +5.03 V  (min =  +4.50 V, max =  +5.50 V)
+12V:       +12.19 V  (min = +10.81 V, max = +13.19 V)
VCC:         +3.35 V  (min =  +2.97 V, max =  +3.63 V)
in6:         +1.24 V  (min =  +1.40 V, max =  +0.29 V)   ALARM
in7:         +1.97 V  (min =  +2.00 V, max =  +1.11 V)   ALARM
SIO Temp:    +44.0°C  (low  = -128.0°C, high = +127.0°C)
temp2:       +41.0°C  (low  = -128.0°C, high = +65.0°C)
temp3:       +42.0°C  (low  = -128.0°C, high = +127.0°C)
cpu0_vid:   +1.088 V

1000rpm以下で回してるけど、温度は40℃くらいで安定してます。
ベンチマークで負荷をかけると50℃くらいまで上がるけど、そうするとファンが高回転して温度を下げてくれます。

あ、ちなみにtemp2がCPU温度のようです。
僕は念の為CPUに負荷をかけてみて温度を見て調べたけど、ググった限りだと、ほとんどのマザーボードでそうなのかな？

pwmconfigの設定ができたら、

を起動して、sensorsを見ながら温度を確認してみる。

大丈夫そうだったら、/etc/rc.local に下記の行を追加して、OS起動時に実行されるようにします。

これらの対策によって、サーバーマシンからは音がほとんどしなくなりました。