Incoming packet was garbled on decryption
というエラーが出てPuTTYからfreeSSHdに繋がりませんでした。
こちらを参考に、「設定で[接続] -> [SSH]の暗号化選択のポリシーでデフォルトAESが一番上にあるのを、3DESかBlowfishのどちらかを一番上にする」というのを行ったところ、PuTTYからは繋がったのですが、同様の設定をしてもWinSCPからは繋がらなかったので、freeSSHdをアップデートしてみました。
version 1.2.1 から 1.2.4 にしたらこの現象は直りました。
バグだったのかな？